Действие Stranded Deep происходит в Тихом океане, в Море дьявола. Игрок управляет единственным выжившим с потерпевшего крушения самолета; персонаж должен самостоятельно искать ресурсы для выживания, исследовать мир и избегать опасностей — например, нападений акул и ядовитых змей. В начале игры персонаж оказывается в открытом море среди акул и должен добраться до безопасного необитаемого острова, где может мастерить примитивные инструменты из камней и палок, искать съедобные растения, ловить крабов и рыбу. Мир игры, в том числе острова, остовы разбитых кораблей, находящиеся как на поверхности, так и под водой, и иные примечательные места, включая боссов, генерируются процедурным образом.
