Недалекое будущее. Политическая обстановка в мире накалена до предела из-за крайне неприятного инцидента: в небе над Восточной Европой американской ракетой был сбит авиалайнер, совершавший коммерческий рейс. В результате катастрофы все находившиеся на борту погибли. Правительство США официально заявило о непричастности к произошедшему. Одному из самых опытных агентов американских спецслужб Майклу Тортону поручено задание провести расследование и отыскать виновников трагедии, чтобы предотвратить назревающий международный конфликт.
В проекте Alpha Protocol игрок получает возможность не только полностью контролировать действия и поведение главного героя, но и определять его отношение к происходящему, что повлияет на развитие событий. Реализованная в игре современная боевая система рассчитана на быстрое принятие решений. Эти интересные особенности в совокупности с возможностью интенсивного развития героя и инновационными ролевыми элементами, тщательно продуманным сюжетом, который может соперничать с лучшими произведениями в жанре шпионского боевика, а также детально проработанным виртуальным миром, где обеспечивается полный эффект присутствия, позволяет назвать Alpha Protocol ролевой игрой нового поколения.
